La Marina della Repubblica Federale di Germania nel dopoguerra aveva iniziato lo sviluppo di nuove classi di sommergibili sin dalla fine degli anni 50. I primi prodotti furono i battelli della classe Typ 201 da 433 tonnellate di dislocamento in immersione, il sottomarino costiero Typ 202 da sole 137 tonnellate di dislocamento in immersione e la classe Typ 205 da 455 tonnellate di dislocamento in immersione (poi portate a quasi 500 nelle versioni migliorate), derivata dalla classe 201 verso la metà degli anni 60.

Quasi contemporaneamente con la costruzione dei battelli della classe 205, si inizio' la progettazione dei sottomarini della classe 206.

Sin dal principio, venne deciso che il dislocamento standard sarebbe stato di 450 tonnellate, con un dislocamento in immersione di circa 520 tonnellate. Il requisito piu' importante fu l'installazione di una batteria dalla capacità migliorata rispetto ai battelli Typ 205, per permettere l'installazione di nuove apparecchiature elettroniche senza detrimento per l'autonomia subacquea. Il progredire della costruzione degli ultimi battelli Typ 205 (migliorati) aveva reso necessario l'aumento del dislocamento di queste unità, e ogni significativo incremento nel peso delle batterie di accumulatori poteva essere raggiunto solo a spese della riserva di stabilità, con una riduzione del volume delle casse zavorra. I valori di riserva di stabilità nelle prime costruzioni post belliche erano stati tenuti relativamente elevati per motivi di sicurezza.

I principali cambiamenti esteriori rispetto ai battelli della classe 205 furono una riconfigurazione della struttura della torretta, un grosso idrofono con base circolare montato a prua, un nuovo schnorkel, nuove antenne a due stadi, ed una sistemazione laterale dei timoni come sui battelli U11-12 della classe 205 migliorata. Anche l'impianto di rilevamento di impulsi sonar attivi venne migliorato.

I battelli di questa classe vennero equipaggiati con un sonar panoramico a lungo raggio con modo di ricerca a settori e controllato da un calcolatore che consentiva la correzione dei segnali di ritorno in funzione della variazione di velocità del suono in acqua. L'apparato di controllo tiro era stato sviluppato dalla ditta olandese Hollandse Signaal-apparaten, e consentiva il calcolo contemporaneo di soluzioni di tiro per bersagli multipli. L'antenna parabolica del radar di ricerca venne sostituita.

Vennero anche migliorate le disposizioni di sicurezza a bordo. Inizialmente si penso' di installare un sistema che provocava l'espulsione automatica del battellino di salvataggio quando la pressione all'interno del battello superava un certo limite ma questa idea venne accantonata e venne installato un meccanismo ad apertura rapida ed eiezione dei boccaporti. Inoltre venne installato un sistema centralizzato di respirazione d'emergenza ad elio-ossigeno.

Un importante cambiamento sui battelli della classe 206 fu l'introduzione dei siluri filoguidati al posto dei tradizionali siluri autocercanti. Inizialmente si penso' all'introduzione di tubi di lancio poppieri specializzati al lancio di siluri filoguidati e numerose varianti del progetto iniziale vennero create. Dopo diversi anni di ricerca, incluse prove in mare con un battello della classe 201, ormai ritirato dal servizio, l'idea venne abbandonata e si mantenne la tradizionale disposizione dei tubi di lancio a prua. Dopo l'approvazione finale del progetto, la progettazione costruttiva inizio' nel 1966 e termino' nell'estate del 1967. Nel 1968 vennero ordinati 12 battelli per la BundesMarine.

A seguito di difficoltà incontrate dopo la consegna della prima unità, il Ministero della Difesa Federale dispose che le prove delle varie funzioni dei battelli venissero assegnate ad un apposito cantiere facente le veci di appaltatore centrale, che avrebbe dovuto garantire la qualità della produzione di tutte le aziende sottoappaltatrici. L'idea era che il battello, all'atto della consegna alla Marina, dovesse essere immediatamente pronto all'impiego operativo. Ulteriori contratti per la consegna di battelli appartenenti a questa classe vennero stipulati nel 1970. In totale la Marina Militare tedesca commissiono' 18 battelli di questa classe.

All'inizio degli anni 90, 12 dei 18 battelli vennero modernizzati e rinominati Typ 206A.

Questi battelli, i piu' piccoli sottomarini attualmente in servizio, si sono dimostrati estremamente manovrabili, estremamente silenziosi e con buone capacità di rilevamento acustico.